お辛いですね。
そこまでひどい方はうちのマンションではいませんでしたが、理事長の権限で傲慢になる方はいますよね。
ただ、標準管理規約でも「理事会の会議は、理事の半数以上が出席しなければ開くことができず、その議事は出席理事の過半数で決する。 」と定められております。
おそらく投稿者様のマンションもそれに準ずる管理規約が定められていると思うので確認されてはいかがでしょうか。
理事の人数はわかりませんが、理事長と副理事長の2名では過半数に満たないようでしたら「副理事と二人で話し進めているため違法では無い」は誤りであり、規約違反になります。
また、「理事会を通さず臨時総会に大規模修繕の案をあげようとしている」とのことですが、総会で決議を行うまえに、理事会で決議を行う必要があるので、理事長と副理事長の独断では進めることはできません。
管理会社がこの手順を知らないはずはなく、サポートを行うのが仕事ですので、管理会社に指摘して、しっかり仕事をするよう指示されたほうがいいと思います。